Ansøgninger modtages til et ph.d.-stipendium/legat ved Graduate School of Technical Sciences, Aarhus Universitet, Roskilde Campus, Danmark, inden for Environmental Science and Toxicology-afdelingen. Stillingen er ledig fra februar 2027 eller snarest derefter.
Forskningsområde og projektbeskrivelse
Spatial metabolomics muliggør studiet af biokemiske processer og interaktioner mellem mennesker og miljø med mikro- til cellulær opløsning (enkeltcelle-metabolomics). Mass spectrometry imaging (MSI) anvendes i stigende grad til at undersøge, hvordan miljømæssige stressfaktorer og mikropollutanter påvirker biologiske systemer på tværs af rum og tid. Dog forbliver databehandling, billedsegmentering, multimodal billedregistrering, reproducerbare beregningsmæssige arbejdsgange og biologisk fortolkning store udfordringer.
Dette projekt vil udvikle beregningsmetoder og open source-værktøjer til behandling, analyse og fortolkning af MSI- og spatial metabolomics-data. Metoderne vil blive anvendt på mikrobielle samfund, miljøprøver og væv for at afdække rumligt opløste biotransformationsprocesser og metaboliske reaktioner på miljømæssige stressfaktorer.
Den succesfulde kandidat vil arbejde i krydsfeltet mellem beregningsvidenskab, biokemi, mikrobiologi og analytisk kemi. Projektet vil kombinere udvikling af beregningsmetoder med eksperimentel spatial metabolomics, herunder signalforbehandling, maskinlæring, rumlig statistik, billedregistrering og interaktiv softwareudvikling. Ph.d.-studerende vil slutte sig til et tværfagligt team af kemikere, mikrobiologer, biologer og beregningsvidenskabsfolk og bidrage til både metodologisk udvikling og biologiske anvendelser.
Stillingen omfatter:
- Udvikling af batch-behandlingsarbejdsgange for MSI- og metabolomics-data, herunder normalisering, kvantificering og funktionsjustering.
- Udvikling af rumlige segmenteringsmetoder, herunder usikkerhedsbevidst og rumligt regulariseret klyngedannelse.
- Samarbejde med eksperimentelle forskere, massespektrometrikere og biologer for at validere metoder mod eksperimentelle og biologiske datasæt samt sikre pålidelig implementering af automatiseret kvalitetskontrol, test, dokumentation og rapportering af reproducerbarhed.
- Kommunikation af beregningsresultater klart til tværfaglige og ikke-beregningsmæssige forskere samt behandling og analyse af billeddatasæt og præsentation af resultater på interne og internationale videnskabelige møder.
- Publicering af metodologiske og anvendelsesstudier og udgivelse af veldokumenteret open source-software.
- Tæt supervision og samarbejde med dedikerede forskere og seniorforskere.
Kvalifikationer og specifikke kompetencer
Technical Sciences - Institut for Miljøvidenskab søger stærkt motiverede kandidater med en stor interesse for tværfaglig forskning. Ansøgere skal have en kandidatgrad (eller tilsvarende) inden for datalogi, bioinformatik/keminformatik, AI/ML, datavidenskab, kemi, beregningsbiologi, kemometri, analytisk kemi eller en beslægtet disciplin.
Væsentlige kvalifikationer:
- Solid baggrund inden for beregningskemi, billedbehandling, omics-dataanalyse og/eller massespektrometri.
- Stærk interesse for spatial metabolomics og dets anvendelser.
Ønskværdige kvalifikationer:
- Erfaring med massespektrometri, mikroskopi, mikrobielle systemer eller analytisk kemi.
- Evne til at arbejde selvstændigt såvel som i samarbejdende, tværfaglige teams.
Ansættelsessted og arbejdssted
Ansættelsesstedet er Aarhus Universitet, og arbejdsstedet er Institut for Miljøvidenskab, Roskilde Campus, Frederiksborgvej 399, 4000 Roskilde, Danmark.
Kontakter
Ansøgere, der søger yderligere information vedrørende ph.d.-stillingen, inviteres til at kontakte:
- Prasad Phapale, prasad.phapale@envs.au.dk (hovedvejleder)
For information om ansøgningskrav og obligatoriske bilag bedes du se Technical Sciences - Institut for Miljøvidenskabs ansøgningsvejledning. Hvis svar ikke kan findes der, bedes du kontakte:
Sådan ansøger du:
Følg venligst dette link for at indsende din ansøgning.
Ansøgningsfristen er den 30. november 2026 kl. 23:59 CET.
Foretrækkes opstartsdato er den 1. februar 2027.
Bemærk venligst:
- Kun dokumenter modtaget inden ansøgningsfristen vil blive evalueret. Dokumenter sendt efter fristen vil således ikke blive taget i betragtning.
- Programkomitéen kan anmode om yderligere information eller invitere ansøgeren til en samtale.
- Der vil blive anvendt shortlisting, hvilket betyder, at evalueringskomitéen kun vil evaluere de mest relevante ansøgninger.
Aarhus Universitets ambition er at være en attraktiv og inspirerende arbejdsplads for alle og at fremme en kultur, hvor hvert enkelt individ har mulighed for at trives, opnå og udvikle sig.
Aarhus Universitet betragter ligestilling og mangfoldighed som aktiver, og Aarhus Universitet byder alle ansøgere velkommen. Alle interesserede kandidater opfordres til at søge, uanset personlig baggrund.
Løn og ansættelsesvilkår er i overensstemmelse med gældende kollektiv overenskomst.
